Ganze Genome Mapping und NGS liefern hochwertige Bezug Genom der heimischen Ziege

OpGen, Inc. heute kündigte die ARGUS® Whole Genome Mapping System Technologie verwendet wurde, in Kombination mit den next-generation-sequencing (NGS) zur Herstellung der ersten, qualitativ hochwertigen Referenz-Genom von der heimischen Ziege. Die Studie wurde geführt von BGI-Shenzhen und Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences veröffentlicht wurde heute online in Nature Biotechnology. Das Papier, betitelt und automatisierte Sequenzierung ganze genome optische Kartierung des Genoms von einer inländischen Ziege (Capra hircus), zeigt, dass der Wert, Effizienz und Wirtschaftlichkeit von OpGen Ganzer Genome Mapping in de-novo-Assemblierungen von großen, komplexen genomen.

„Diese unabhängige Technologie bietet nicht nur die Validierung der Genom-Sequenzierung, sondern bietet auch die large-scale-Chromosom Struktur Informationen, die nicht erfasst werden durch Sequenzierung“

„Diese unabhängige Technologie bietet nicht nur die Validierung der Genom-Sequenzierung, sondern bietet auch die large-scale-Chromosom Struktur Informationen, die nicht erfasst werden durch Sequenzierung“, sagte Xun Xu, stellvertretender Direktor, BGI-Shenzhen. „Die Erfahrung in diesen Genom-Montage-Projekte zeigt, dass die körperliche ganze Genom-Karte sollte der standard für jede Referenz-Genom werden montiert, in die Zukunft.“

Ziegen sind eine wichtige wirtschaftliche Ressource, die in vielen Entwicklungsländern rund um den Globus, einschließlich China und Indien. Doch trotz Ihrer landwirtschaftlichen und biologischen Bedeutung, Zucht und genetische Untersuchungen von Ziegen wurden behindert durch das fehlen eines hochwertigen Referenz-Genom-Sequenz. Die Ziege-Genom ist das erste high-quality-Referenz-Genom für kleine Tiere wiederkäuen und kann helfen, zu Voraus für das Verständnis der unterschiedlichen meditativer genomischen Eigenschaften von nicht-Wiederkäuer-Arten.

Obwohl die Erzeugung Entwürfe von Baugruppen von NGS ist relativ leicht, die Beendigung einer Sequenz auf dem Chromosom-Ebene ist immer noch schwierig und teuer. Die Ergebnisse zeigen, dass eine einzelne NGS-Plattform, kombiniert mit Gesamte Genom-Mapping, kann eine fertige Baugruppe, die viel schneller und weniger teuer als andere derzeit verfügbare mapping-Strategien, wie bakterielle, künstliche Chromosomen (BACs) oder Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH). Dieser Ansatz setzt der gold standard in der großen genome de novo assembly, wodurch die Notwendigkeit für die genetische Karten, die sehr zeitaufwendig sein kann.

„Durch die Einbindung von Whole Genome-Mapping, konnten wir überwinden die Grenzen der NGS‘ kurze Lesen, Gerüste zu produzieren, die lange super-Gerüsten und beenden Sie die Montage, die in der Nähe von Chromosom Niveau“, sagte Wen Wang, stellvertretender Direktor des Kunming Institut für Zoologie, chinesische Akademie der Wissenschaften und Autor des Papiers. „Wir konnten noch nicht abgeschlossen haben, das Projekt ohne OpGen-Technologie.“

In der Studie von OpGen ARGUS-system produziert, mit 100.000 einzelnes Molekül Beschränkung Karten in drei Stunden. Dies führte in 30-fache der physischen Abdeckung von der Ziege-Genom. Das Unternehmen, das Genom Builder™ software generierte lange super-Gerüste durch die Kombination von Einzel-Molekül-map-Daten mit Sequenz-Gerüste erzeugt, die von NGS und der späteren Montage. Insbesondere die Metrik der Montage (N50) wurde verbessert achtfachen durch die Kombination Ganzer Genome Mapping mit NGS über NGS allein.

„Während wir weiterhin demonstrieren den Wert von Whole Genome Mapping für Montage, Qualitätskontrolle und Validierung von mikrobiellen genomen, wir sind zufrieden, zu erweitern und Ihre Anwendungen wie eine kritische, Ergänzende Technologie, die die Ermittler auf vollständige und genaue long-range-genomische Informationen in komplexen de-novo-Projekte,“ sagte Richard Moore, M. D., Ph. D., chief scientific officer von OpGen-und ein Autor des Papiers. „Dieses Papier ist der erste von vielen, die wir erwarten, zu sein veröffentlicht im Laufe des nächsten Jahres die Validierung OpGen – Whole Genome-Mapping-Technologie als eine Lösung für die de novo Assemblierung des Spektrums von genomen von Mikroben zu den Säugetieren.“

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