Neue Datenbank für Wissenschaftler, die Erforschung der spalthefe


Die Datenbank, PomBase, wichtige neue tool für Wissenschaftler erforschen spalthefe

Eine neue Datenbank verspricht, eine wertvolle Ressource für Wissenschaftler, die eine einzigartige Einzellige Pilz die Untersuchung der menschlichen Erkrankungen.

Die neue Datenbank für die spalthefe Schizosaccharomyces pombe, genannt PomBase, wurde heute von einem Konsortium von Forschern an der University of Cambridge, dem europäischen Bioinformatik-Institut (EBI), und dem University College London (UCL).

Kernspaltung Hefe ist ein einzelliger Pilz (Hefe). Weil Ihre Zellen funktionieren ähnlich wie unsere eigene, und es ist ein wichtiges Modell für die Untersuchung zellulärer Prozesse, die Häufig im Zusammenhang mit erblichen Erkrankungen und Krebserkrankungen.

Wissenschaftler haben bereits herausgefunden, dass der spalthefe hat Entsprechungen in vielen menschlichen Gene bekannt sind, die Ursachen von seltenen genetischen Erkrankungen und Syndromen (einschließlich Batten‘, Bloom ‚ s, Birt-Hogg-Dube, Liddle, Lowe, Niemann-Pick). Darüber hinaus spalthefe haben die Kollegen von menschlichen Genen beteiligt bei Erkrankungen mit mehreren Ursachen, einschließlich Krebs, Taubheit, neurologische Erkrankungen, Herzerkrankungen, Parkinson und Anämie.

Biologen sind heute sehr abhängig von computer-Datenbanken, Katalog der Funktionen der Gene, der Organismen, die Sie studieren und Ihnen den Zugang zu anderen unterstützenden Informationen. Die PomBase website wird daher erweisen sich als ein wichtiges Instrument für Forscher, spalthefe.

Ihrem Start ist die erste Stufe eines 5-Jahres-Projekt, finanziert durch den Wellcome Trust, um ein Modell Organismus Datenbank, mit Forschern auf der ganzen Welt zur Teilnahme direkt in der Kuration Prozess zusätzlich zu der Verwendung von automatisierten Verfahren auf Basis der genetischen „Blaupause“ für die spalthefe. Das Projekt nutzt Ensembl-software für Genom-browsing, die bereits verwendet, um Daten für viele andere wichtige experimentelle Arten. Neue Werkzeuge und Ressourcen, welche durch das Projekt wird auch von Forschern, die auf andere Arten, einschließlich des Menschen, Krankheitserreger zu erstellen, die ähnlich wie Datenbanken.

Steve Oliver, Professor of Systems Biology & Biochemistry, wer ist die Speerspitze der initiative, kommentiert: „der Organismus spezifische Datenbank-Projekte oft nur über begrenzte Ressourcen, und große Rückstände von uncurated Literatur. Eine wichtige neue Komponente des Projekts ist der Aufbau von intuitiven Werkzeuge, um die Forschung einzubeziehen, die sich in der Datenbank Kuration, und sicherzustellen, dass die wissenschaftlichen Informationen veröffentlicht, die in Ihren Papieren ist sichtbar für die gesamte biologische Forschung. Diese Werkzeuge können auch gemeinsam mit anderen Gruppen und umgesetzt, die für Ihren Organismus von Interesse.“

Valerie Holz, PomBase Manager und co-investigator, sagte: „PomBase ist nicht nur die Einrichtung einer Datenbank für dieses wichtige Modell, es ist auch die Anpassung des EBI Ensembl-Genome-Plattform und konstruieren Werkzeuge, um die Forschungs-community zur Pflege Ihrer eigenen Publikationen. Die PomBase Protokolle ermöglichen wird, anderen Forschungs-communities zu etablieren und aufrechtzuerhalten ähnliche Datenbanken für andere experimentelle Organismen. Wir haben bereits identifiziert Kollegen für über 300 menschliche krankheitsgene in PomBase und viele von diesen werden untersucht, die zur Aufklärung der zellulären basis für eine Vielfalt von Krankheiten.“

Jurg Bahler, spalthefe Forscher und PomBase co-investigator von UCL, fügte hinzu: „Viele grundlegende zelluläre Prozesse konserviert sind zwischen Hefe und Menschen, und PomBase wird intensiv genutzt von den biologischen und biomedizinischen Forscher weltweit an der Studie Mechanismen, die Zellwachstum und-Teilung.“

Paul Kersey, PomBase co-investigator von EBI, sagte: „PomBase angepasst hat die EBI Ensembl-Plattform bieten eine facettenreiche Ressource gewidmet, um die Bedürfnisse der spalthefe Forscher. Diese Entwicklungen ermöglichen andere Forschungsgemeinschaften zu etablieren und aufrechtzuerhalten ähnliche Datenbanken für Ihre Lieblings-experimentelle Organismen.“

Die community curation initiative für PomBase startet im Frühjahr 2012.

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